Działania Zarządu PTEZ związane z nowelizacją Prawa Energetycznego (PE) wynikającą z potrzeby wdrożenia do prawa polskiego Dyrektywy kogeneracyjnej, wspierane były przede wszystkim przez Zespół ds. Analizy Aktów Prawnych. Zadaniem Zespołu było przygotowanie projektu nowych rozwiązań dot. modelu rynku energii elektrycznej z kogeneracji z handlem świadectwami pochodzenia i włączenia tych rozwiązań do nowelizowanego PE. W realizacji tego zadania Zespół wspierali eksperci z innych zespołów, a także od strony prawnej kancelaria Chadbourne&Parke.

W trakcie licznych spotkań organizowanych przez MG dla uzgodnienia ostatecznych zapisów w nowelizowanym PE przedstawiciele PTEZ uzasadniali celowość proponowanego rozwiązania dla rynku energii skojarzonej z modelem handlu świadectwami pochodzenia. Przede wszystkim broniona była sprawa zapewnienia minimalnej ceny tych świadectw. W sytuacji kiedy zapadły decyzje rządowe o utworzeniu czterech zintegrowanych pionowo grup energetycznych w Polsce, Zarząd PTEZ zauważył zagrożenie dla proponowanego nowego modelu rynku energii elektrycznej skojarzonej  z handlem świadectwami pochodzenia w świetle nowej organizacji sektora elektroenergetycznego. Na spotkaniach uzgadniających projektu nowelizowanego PE zawnioskowano o pozostanie przy dotychczasowym modelu obowiązku zakupu energii elektrycznej ze skojarzenia. Mimo poparcia ze strony URE wniosek ten nie został przyjęty przez MG.

Ostatecznie przyjęta nowelizacja PE na początku 2007 r. wdraża rozwiązanie, którego inicjatorem było PTEZ. Istotną sprawą jest obecnie wypracowanie rozporządzenia MG, które będzie uszczegóławiać zaproponowane rozwiązania w PE. Prace nad projektem rozporządzenia trwają i PTEZ aktywnie w nich uczestniczy.